Многие факты распределения современной флоры и фауны не соответствуют теоретическим ожиданиям современной теории эволюции.
1. Феномены флористических царств. Трудно объяснимы феномены Капского флористического царства и Голантарктического царства, при сравнении их друг с другом, где, с одной стороны (в Капском флористическом царстве) имеет место поразительное разнообразие видов растений, которые ютятся буквально «на пятачке» суши (Капское царство — самое маленькое флористическое царство Земли). В то время как территории, входящие в состав Голантарктического царства, наоборот, значительно удалены друг от друга колоссальными морскими пространствами. Однако в составе их флоры имеется много общих родов и даже биологических видов. Флора родственная, несмотря на предположительно произошедшее разделение общей суши, как минимум, 50 млн. лет назад. Если сделать ещё целый ряд дополнительных маловероятных допущений, то самый минимальный срок полной изоляции этих территорий всё равно получается не менее 15 млн. лет. Необъяснимо, как общие биологические виды (!) могли изолированно существовать, совершенно не изменяясь, по меньшей мере, 15 млн. лет (не говоря уже о 50 млн.). Да ещё и в условиях резкого, глобального изменения климата, которое предполагается именно для этого региона Земли в рамках современных научных представлений. В то время как в соседнем, Капском флористическом царстве, произошла (воображаемая) эволюция огромного числа разных видов — в пределах одного крошечного полуострова.
2. Парадокс эволюции цихлид озера Виктория. Как известно, в африканском озере Виктория сегодня обитают более 300 разных видов цихлид. Однако, согласно геологическим данным, всего 15 тыс. лет назад на месте озера Виктория была суша. А это значит, что подавляющее большинство имеющихся сейчас видов цихлид в о. Виктория каким-то образом успели возникнуть за последние 15 тыс. лет. Если мы предположим, что подобную скорость образования биологических видов обеспечивают те самые эволюционные факторы, которые постулируются современной теорией эволюции (мутации, дрейф генов, изоляция, естественный отбор), то становится непонятно, почему эти же факторы не действовали на другие виды рыб на значительно большем пространстве. Например, почему эволюция не создала сотни тысяч разных видов щук, ершей, окуней в разных озерах и реках гигантского региона почти всей Евразии? Особенно если учесть, что в пределах данного региона имеется огромное разнообразие экологических условий и ещё большая географическая изоляция.
Данный парадокс совершенно ясно указывает на то, что наши текущие представления о механизмах образования новых видов – в целом наивны (еще далеки от реальности) и не учитывают чего-то критически важного.
3. Существование одного биологического вида в разрозненных ареалах. Многие биологические виды имеют громадные географические ареалы, часто сильно разорванные. Тем не менее на всём этом ареале они представлены одним биологическим видом. Такие факты, взятые в совокупности, не вписываются в представления современной теории эволюции, согласно которым новые виды образуются за счёт накопления различий между разными удалёнными популяциями. Например, конкретный вид лесной тропической орхидеи (Calanthe triplicata) имеет воистину громадный ареал. Этот вид орхидеи найден: на острове Маврикий, на Мадагаскаре, на Сейшелах, в Ассаме (восточный штат Индии), в восточных Гималаях, в южной Индии, на острове Шри Ланка, в Бирме, Таиланде, Малайзии, Лаосе, Камбодже, южном Китае, Вьетнаме, на острове Борнео, на Яве, на Малых Зондских островах, на островах Молуккского архипелага, на Филиппинских островах, на Сулавеси, Суматре, архипелаге Бисмарка, в Новой Гвинее, на Соломоновых островах, на острове Норфолк, в восточной Австралии, на островах Фиджи, в Новой Каледонии, на островах Самоа, Вануату, островах Валлис и Футуна, на Маркизских островах (то есть, вообще в центре Тихого океана), на островах Санта-Круз, на Каролинских островах, на Марианских островах, на Тайвани и на островах Рюкю. Интересно, что этот вид орхидеи отнюдь не привязан к каким-нибудь приморским местообитаниям (для облегчения распространения через тысячи километров морской воды). Эта орхидея произрастает во влажных тенистых лесах. Причём эти леса обычно приурочены к возвышенностям (с высотой над уровнем моря от 500 до 1500 метров). Тем не менее никакой эволюции в условиях изоляции не наблюдается (по факту). Видимо, этому виду орхидеи просто забыли сказать, что в рамках современной теории эволюции ему надо разделиться на сотню разных видов?